Specyfika produkcji Polskiej Wytwórni Papierów Wartościowych wymaga skutecznego, efektywnego i zaawansowanego systemu bezpieczeństwa. Dotyczy to nie tylko ochrony obiektów, zabezpieczenia produkcji wartościowej, ochrony zasobów informacyjnych, a także bezpieczeństwa osobowego zatrudnionych pracowników. Wdrożone procedury i instrukcje dotyczące zabezpieczenia produkcji wartościowej wspomagane są przez nowoczesne systemy elektroniczne, m.in. nadzór wizyjny obiektów, monitoring ciągów produkcyjnych, systemy kontroli dostępu, systemy sygnalizacji włamania i napadu czy zaawansowane systemy sygnalizacji pożaru.

Ochrona informacji uregulowana jest w wewnętrznych aktach normatywnych PWPW. Opisane  w nich zostały bezpieczne warunki przetwarzania informacji prawnie chronionych oraz działania zapobiegające ich nieuprawnionemu wykorzystaniu lub nielegalnemu udostępnianiu.

PWPW zapewnia bezpieczeństwo powierzonych jej do przetwarzania danych osobowych. Personalizacja dokumentów odbywa się wyłącznie w wyznaczonych do tego celu pomieszczeniach, objętych systemem elektronicznej i fizycznej kontroli dostępu. Urządzenia i systemy informatyczne służące do przetwarzania danych osobowych są zgodne z obowiązującymi standardami i przepisami prawa, a pracownicy PWPW posiadają niezbędne uprawnienia określone w zapisach ustawy o ochronie danych osobowych.

PWPW zapewnia bezpieczeństwo teleinformatyczne informacjom prawnie chronionym, przetwarzanym w systemach i sieciach teleinformatycznych. Posiada świadectwo bezpieczeństwa przemysłowego pierwszego stopnia do klauzuli „ściśle tajne” oraz międzynarodowe dla klauzuli „secret” UE.

Ponadto PWPW znajduje się na liście podmiotów Europejskiego Banku Centralnego uprawnionych do druku banknotów euro.